在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

第三集完全是官方同人，二战AU，用百慕大做引子，玩谍战故事就毫无逻辑漏洞，Mulder穿越之后所有他认识的人都维持了他熟知的人设，Scully的冷艳正义，Skinner的暗中相助，反派老头子的残忍无情，都跟21世纪的现实一毛一样。

六、七两季片方就玩了无数的梗，比如吸血鬼向的奇幻AU，时间loop的科幻AU，穿越梗的二战AU，等等，再留下一些集数做主线的推进，亦庄亦谐让观众看得非常舒服。

如果说第五季是剧情设置和线索推进的高峰，那么六七两季则是团队制作水平已经完全游刃有余的表现。非常喜欢。