《潘多拉的秘密》主要讲述了1931年“9月18日”事变后，日本侵略者控制了东部三省，入侵了华北大地。情报人员在经历国恨、爱恨、纷争后共同战斗的传奇故事。 1934年底，三名国民党东北空军士兵蒋丞、彭越、上官玉坡因任务失败被日军俘虏，被国民党组织救出，返回天津。国民党分析，三人中有一人叛逃。国民党决定派六里子去调查上官玉坡少校，六里子监视他，上官一一回应，在空军建设过程中，上官玉坡始终表现突出。在调查上官玉坡的过程中，琉璃子逐渐对他产生了好感。上官玉坡对琉璃子也有好感，但是上官雨坡和他的女友莫纯在一起多年，这段感情让上官雨坡和琉璃子都闹得沸沸扬扬。上官玉坡逐渐接触到了中共的一些思想，并在心中形成了共产主义的信仰。国民党逐渐把严查的目标转向蒋丞和彭越，叛徒蒋丞终于投降了。 1936年底，“西安事变”爆发，国民党压力大。上官玉坡和琉璃子接受了中共抗日救国的主张，走上了寻找中国共产党的道路。