为了逃避父子关系，马来西亚的大学生一凡，来台湾寻找新机会；为了菲律宾家人的生计，妮雅也来到台湾工作。两人相遇相爱，但他们都只是社会的移动者。宿命轮回，一凡与妮雅终究走上了分离与漂泊，他们在台湾的故事重演著六十年前，一凡的祖父辈在马来亚丛林中禁忌的爱情与家族坎坷。一凡在寻找爱情，也在追寻自我认同。隔了时间的长河，不同时代的恋人依旧无地生根。感謝 雪梨台灣影展 邀稿，本篇亦同步刊登於 雪梨台灣影展官網。

「為了爭取獨立，馬來亞共產黨在森林裡打了數十年的游擊戰。當他們的孩子在戰時出生，會被送出森林，以求生存。」

黑底白字出現短短幾行字，述說那段至今仍被掩蓋的歷史樣貌：1948年起，馬共領導馬來西亞人民進入森林中展開長達40多年的游擊戰，然而，那些年在那茂密的僅有微光滲入的叢林裡所發生的故事，時至今日，在馬來西亞仍是不可說的秘密；甚至，連可以稱為前導片的《不即不離》，也因涉及馬共歷史，迄今在馬來西亞仍被全面禁演，這些「沒有歷史的人」不僅被自己的國家孤立，他們也因為無法言說的過去而彼此孤立。

本片由兩條主線故事相互穿插而成，其一是來到台灣半工半讀的馬來西亞少年一凡與在按摩店打工的菲律賓籍移工萊拉，因同是異鄉人而在互相扶持之下發展出的感情故事，其二則將故事時空拉回至1940至1950年間的馬共森林游擊戰時期，一凡的父親「密」在戰時被產下，為保全性命，剛出生的他被裝進菠蘿蜜中送出森林，由一家馬來人撫養長大，卻從此活在沒有根的困惑之中。

兩條主線似是輪迴關係，驗證著彼此的故事，彷彿說著沒有「根」的生活，不論何時、去到哪裡都將面臨困惑的人生。

就像當一凡來到台灣求學，本土植物學的教授說到：「外來的泥土會帶來病菌。」 這麼一句不帶任何評斷語氣的話語，似乎也恰巧說明了許多外來移民在台的困境，時至今日這些有著異腔怪調、說著不夠標準的國語的“外國人”仍被投以異樣眼光，甚至也被用不一樣的標準對待，使得這群異鄉人只能彼此取暖，而一凡和萊拉也在這樣的機緣巧合下相遇相識相依偎。

沒有選擇之下的相遇和分離在兩條主線故事之間穿梭進行，縱使故事之間沒有交集，但宿命一般的輪迴卻巧妙的將兩段故事交織在一起，父親「密」在生母與馬來代養家庭之間的顛沛流離，以及一凡選擇離鄉背井來到陌生的台北追求連自己都不知道目的的未來，尋「根」是這兩代人都無法擺脫的命運。

「馬來西亞的菠蘿蜜很大顆。」「菲律賓的菠蘿蜜也很大顆。」在異地思念起家鄉的一凡和萊拉，一起在租屋處的頂樓邊剖開那顆在台灣的土地上長大的菠蘿蜜，邊談論起自己的土地。 沒有根的植物長不高也長不大，只能匍匐在地；少了泥土的植物，不管灌溉多少養分，又怎麼能夠茁壯？

《菠蘿蜜》是廖克發導演的第一部劇情長片，於第56屆金馬獎他更憑《還有一些樹》及與陳雪甄合導的本片-《菠蘿蜜》入圍「最佳紀錄片」及「最佳新導演」，藉由鏡頭關注新移民的困境以及家鄉的禁忌歷史，一直以來都是廖克發導演致力書寫一封又一封的家書重點。