华佗（林文龙饰）自幼聪慧过人、醉心医学，因缘际遇下，拜名医张仲景为师。一次，关云长（尹扬明饰）带同乡求医，佗发现此人的病症有异，不是普通伤寒，故将《伤寒论》和《滋阴论》结合，成功研究出治疗瘟疫之法。惜百姓迷信鬼神之说，加上小人得志，对佗诸多加害，令其惹上杀身之祸。时景之长女张妙心（伍咏薇饰），与佗两情相悦，决心下嫁并随夫逃亡。　　佗移居许昌后有医无类，不论病得多重的人也全力拯救，结果往往臺灣電影網失败，被评为「医死人大夫」，生活每况愈下。后佗替曹操（黄日华饰）的幼儿医好多年顽疾，得操赏识，封为太医院监，着手撰写医学大全。好景不常，操的奸雄本色渐露，命佗制毒药杀害关之士兵，佗不耻操所为，投靠关。操头风病发作，老羞成怒，以斩杀太医院内三百余人作胁，迫佗返回许昌为其治病，佗深知此行凶多吉少，莫非这就是命运的安排？医神华佗生逢东汉末年群雄纷起的战乱年代，华佗的医学成就和三国时期的两个重要人物联系在一起。一个是红脸关羽，另一个是奸雄曹操。华佗用刮骨疗毒的方法替关羽去毒，为了不延误战事，关羽不服用麻沸散麻醉，在清醒状态下与人下棋品茗接受手术。可谓“神威罕及惟关将，圣手能医说华佗。”不过另有说法说是子虚乌有。就算此事是编撰出来，借用华佗之名来彰显医术之高明，足见华佗在医学界的地位。针对曹操的头风症，华佗采用保守的针灸疗法，不过头风症已成为曹操的顽疾，华佗建议如要根治，得先服用麻沸散，然后剖开头颅，施行手术。可惜曹操疑心太重，疑华佗要害他，将之关进监牢。在狱中，华佗曾把自己丰富的医疗经验整理成书，可惜没能流传下来。华佗一生淡薄名利，只愿做一名民间医生，为天下百姓赠医施药。医者父母心，华佗替人看病，无贫穷贵贱之分，都一视同仁，倾力救治。其高超的医术和高尚的医德无愧于“妙手仁心”的夸赞。华佗曾师从名医张仲景，精读张仲景的《伤寒论》，后与父亲的滋阴论相结合，研究出治疗瘟疫的方法。不过此剧中的张仲景的形象被丑化了，只给达官显贵看病，收取高昂的诊金，害怕麻烦缠身而推脱棘手病例，虽有高明的艺术，但医德却是在华佗之下的。曹操非常赏识华佗在医学上的才能，希望其能作为御用的侍医服侍左右。这违背了华佗济世救民的初衷，无法置百姓疾苦于不顾。好在华佗巧妙地利用了太医监的身份，在太医院潜心研究医术，把自己多年来的医疗经验写成《青囊经》，慷慨传授与有志给百姓治病的医者。剧中，在背后支持华佗的有两个女人。一是华佗的结发之妻，名医张仲景的女儿妙心，另一是曹操的义女，识得大体的兰亭。妙心利用名医世家的医学氛围，让初涉医学领域的华佗在耳濡目染的环境中学习成长。虽然贵为名医千金，能过得粗茶淡饭的苦日子，帮助夫婿开医卢为百姓治病开方。不过随着华佗的平步青云和步步高升，妙心越来越显示出贪慕虚荣、显耀荣华富贵的世俗气。夫妻两人的感情亦渐行渐远。兰亭蕙质兰心，了解义父曹操的别有用心，多次施计谋帮助华佗化险为夷。在太医院，兰亭与华佗朝夕相伴，渐生情愫。曹操不是迂腐之人，谣言传到曹操耳中，在曹操认为，华佗宅心仁厚，且是个不可多得的医学人才，可完成为义女找到一个好夫婿的心愿，同时也找到了一个自然的借口让华佗为其办事，巧妙制约之。伴君如伴虎，华佗越是深得曹操信任，危险也更多了一分。曹操的奸诈用心可见一斑。被逼违背良心替曹操做事，这也造成了之后华佗背曹投关，后又置生死于不顾回到曹操身边，最终死于狱中。