新战国时代，忍者们展开着与妖怪们激烈的战斗。以战斗末了，猿飞佐助为首的5人的忍者们，在自无敌将军们三神将被给予的「封印的门」中关锁妖怪总司令和妖怪们的能源的，事上成功了。丢失能源并在人类社会融洽了的妖怪カッパは，欺骗猿飞佐助的子孙佐助和雾隐的子孙才藏，使之...

作为战队系列中的第18队战队，《忍者战队隐连者》可以讲是直筒清泉。其他战队系列都有着一个多功能设备的总部，他们却只有一辆由猫幻化成的功能旅行车。其他战队的设定是拯救世界，他们是一边打怪一边赚钱旅行。

和其他战队不同的地方还有一样，这个战队中的其中两个主角的名字，被《火影忍者》中使用。而且，他们每一集的故事，也更贴合当时的社会。

其中有几集的内容，也是具有一定的警醒作用。第17集《魔剑与内裤》，简单讲述了一个关于勇气和梦想的故事，所谓成事在天，谋事在人，这一集就有很好的体现。

第22集《请大笑吧》，讲述的是因空气污染而强化的妖怪，这不是在提醒人类要关注空气污染的信号吗？

第32集《偷脸的妖怪少瞧不起人》，剧中的一些人在被妖怪偷走外貌后，开始去抢劫银行，提升了犯罪率。而这集的女配角，也因不喜欢自己的外貌，再被偷走本来的外貌后，决定以漫画面示人。在被大雨淋湿后，才明白真实面貌的重要性。就像现在的某些现象，总有一些人喜欢在虚拟世界中，用漫画面来欺骗真实的人。

而隐连者的结局也是很不同，相比起其他战队消灭最终boss，他们选择的是和他们祖先一样，用封印的办法来对抗最终boss。因为，黑暗面都存在每个人心中，但要克服它的勇气，并非人人都能做到。