小智（松本梨香配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行热闹的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐藏在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典。

“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡。海之神只有在拯救灭亡时出现，但也无法阻止世界的灭亡。”

影片一开始就给观众展现了一个自私自利的反派形象。他不顾石碑的警告，擅自捕捉火之神——烈焰鸟，企图将海之神——洛奇亚占为己有。

火之神被捕，由火之神、雷之神、冰之神形成的生态平衡分崩离析，世界也因此陷入危机。“被称为冰之神的某物的力量把海水冰冻的话，被称为火之神的某物就将冰融化，这就形成了海底的海流。然后，在被搅拌的海水中雷之神的电流发挥作用，制造出生物之本的蛋白质。三个神的平衡使深层海流平缓流动，诞生出这个星球的生命。深层海流的中央就是生命的诞生处，也可以说是所有生命的故乡。异变的原因是三个力量的平衡关系，在某种形式上被破坏了。”

这部剧场版的不落俗套之处在于，视角突破了传统单一的主角和反派之间的矛盾冲突，转向构建一个人类、宝可梦和自然界三者相互影响的世界观，而这也是宝可梦系列作品一直探讨的话题。人类的私欲破坏了三神的平衡关系，从而导致了自然界生态平衡的崩坏。人类、宝可梦和自然界之间形成了一个环环相扣的链条。

因此，电影表面上在讲述小智和洛奇亚合力平息三神的愤怒，实质在传递人类、宝可梦和自然界是命运共同体的思想。小智是“控制者”——人类的代表，洛奇亚是宝可梦的代表，三神的愤怒是自然界对人类破坏生态平衡的惩罚。唯有人类和宝可梦通力合作，方能平息自然界的愤怒。“海之神只有在拯救灭亡时出现，但也无法阻止世界的灭亡。只有当火之神、雷之神和冰之神拥有的宝物与海之笛调和的时候，才能消除他们的愤怒。能完成这件事的，只有作为优秀的“控制者”——人类。”

不管是人类还是宝可梦，都和这个星球的自然有着密切关系，所以我们本能地聚集在一起，本能地阻止世界的灭亡。