《闪乱神乐》的故事舞台是忍者至今仍然存在的世界。为了与政客和大公司的“忍”抗衡，当局成立了“国家半隐学院”，培养“慈悲宽容”。少女战斗的故事。主角由五位性格各异的女忍者组成。分别是明日香、斑鸠、葛城、柳生、云雀，适应玩家的不同喜好。