伊莎贝拉的外祖母是巴塞卢什的伊莎贝拉。巴塞卢什的伊莎贝拉是“葡萄牙历史上最伟大的国王”若昂一世的孙女，她的丈夫则是若昂一世的儿子若昂，任司厩长。没错她嫁给了自己的叔叔。若昂一世的儿子当中最著名的便是“航海家恩里克(Prince Henry the Navigator)”，以建立航海学校，赞助西非海岸的航海探险闻名，为日后迪亚士和达伽马的航行奠定了基础，被奉为葡萄牙的民族英雄，他是伊莎贝拉女王的叔祖。里斯本的大发现纪念碑就是为纪念航海家恩里克逝世500周年而建。其外形如同一艘展开巨帆的船只，碑上刻有航海家恩里克及其它80位航海家的雕像，船头站立者即为航海家恩里克，其后为其助手加玛。
纳瓦拉女王布兰卡一世(Blanche I of Navarre)胡安二世的绰号是“无信誉的胡安二世”，他因为与纳瓦拉女王的联姻取得了纳瓦拉的王位，布兰卡一世死后，纳瓦拉的王位理论上应该传给他们的儿子卡洛斯，而且他也是阿拉贡王国的第一继承人，但是胡安二世拒绝让出纳瓦拉王国的王位，后来还把卡洛斯王子囚禁起来，这引起了加泰罗尼亚人的叛乱。虽然卡洛斯王子在阿拉贡王国广受爱戴，但是伊莎贝拉肯定不想嫁给一个四十多岁的中年大叔，但有什么办法呢，她只能让自己接受这个安排，索性被幽禁的卡洛斯王子没过多久就去世了，伊莎贝拉的婚姻还是没有最终确定。 无信誉的胡安二世让卡洛斯王子在政治上只能靠边站，终日与书和狗为伴Museo Nacional del Prado
伊莎贝拉要与费迪南结婚还需要克服一个棘手的宗教问题：天主教禁止远方表亲结婚，除非得到特别许可，而两位新人正好都是特拉斯塔马拉王族(The House of Trastámara)的成员，是远房表亲。他们的曾祖父都是胡安一世，胡安一世的父亲是特拉斯塔马拉伯爵恩里克二世，他是私生子，但是他刺杀了伊夫雷亚王朝的末代君主佩德罗一世，开创了特拉斯塔马拉王朝，分为两支，统治阿拉贡和卡斯蒂利亚王国。(恩里克二世也是西班牙第一个将反犹主义当成国策的君主，他在位期间，对犹太人进行了迫害，他的反犹行动最终导致了100年后西班牙伊莎贝拉一世女王设立的“宗教裁判所”。) 恩里克二世，特拉斯塔马拉王朝的创立者，塞哥维亚城堡的彩绘玻璃左侧是恩里克二世刺杀佩德罗一世，右侧是他的儿子胡安一世(伊莎贝拉的曾祖父)，在马术训练中坠马而死。胡安一世曾入侵葡萄牙却败给若昂一世，后者建立了葡萄牙的阿维斯王朝(House of Aviz)，阿拉贡的胡安二世告诉塞哥维亚大主教胡安·阿里亚斯，他之前已经争得了教皇的同意，后者颁发了结婚许可。随后伊莎贝拉的盟友，包括卡里略大主教和贡萨洛·查孔，为他们俩举办了一场代理婚礼仪式，据说伊莎贝拉得到了4万金弗洛林的礼金，和一些珠宝。