故事发生在明朝末年，大将军戚继光和兵部尚书戚继宇联手组成戚家军，对胆敢侵犯国土的倭寇迎上去给敌人以狠狠的打击。倭寇首领大岛正雄和朝中司礼大太监童大宝（于承惠饰）内外勾结，陷害戚继宇，导致戚家军解散，戚家遭到了满门抄斩，作为戚家唯一的后代，戚少正（吴京饰）不得不踏上了逃亡的旅途。少林寺方丈至一（王珏饰）将戚少正收为徒弟，童大宝得知了戚少正的下落，火烧少林，至一为了保护戚少正不幸身亡。之后，戚少正带着至一的血书前往南少林投奔圆照方丈（徐向东饰），并先后结识了小妮（法提麦·雅琦饰）、红莲和华子等人。年青人精力正旺盛的一行年轻人，打算凭借他们自己的力量，重建戚家军。明朝末年朝纲不振，内有奸宦当道，外有倭寇横行。为使百姓免遭涂炭之苦，大将戚继光和其堂弟、兵部侍郎戚继宇励精图治，终于连手组建了戚家军，在抗击倭寇的战斗中捷报频传。　　倭寇首领大岛正雄不甘心自己的失败，施重金贿赂昏君的心腹、司礼大太监童大宝。贪赃枉法的童大宝一向利用昏君的宠幸肆意弄权，并有意将戚家军收编为自己的私人武装，遭到了戚继光和戚继宇的断然拒绝，并从此结下仇怨。在大岛正雄的授意下，童大宝乘机向昏君进谗言，以图谋造反的罪名欲将闻名天下的戚家军就地解散。　　刚正不阿的戚继宇获悉了童大宝的阴谋，在儿子戚少正的协助下得到了童大宝暗通倭寇的证据。不料消息败露，童大宝抢先下毒手，不仅将戚继宇手中的证据销毁，而且以莫须有的罪名将戚继宇打入天牢。一直欲将戚家军置之死地的童大宝乘机以荣华富贵利诱戚继宇，让他出面指证戚继光有造反的事实，遭戚继宇断然拒绝，并派儿子戚少正连夜出京城向戚家军送信，使得列入童大宝名单上的一大批将领有时间转移，童大宝欲将忠良一网打尽的阴谋破产。恼羞成怒的童大宝将戚家满门抄斩。并为斩草除根，悬重金追杀戚家惟一幸存的后人戚少正。走投无路的戚少正被北少林的主持方丈至一收为徒弟，取法号昙志。不料童大宝得知了消息，率锦衣卫赶来，以血洗少林相威胁要他们交出昙志。为保护忠良的血脉，少林众僧宁死不屈，奋力抵抗。丧心病狂的童大宝下令火烧少林，至一禅师舍身护法，在熊熊烈火中成就大善。临终前，他命武僧三脚带着自己的血书，护送昙志投奔南少林的圆照方丈。　昙志和师兄踏上了去南少林学艺的征途。这一路前有堵截，后有追兵，惊险无比中，却也穿插着一段段浪漫谐趣的爱情故事。英俊的昙志先是在深山老林中，被娇憨稚气的小妮所救，还被爱管闲事的老爷爷逼着，与痴情的小妮做了一个月的假夫妻，好在老爷爷是戚家军的老部下，当然知道戚家后代身负的责任，于是不顾孙女的心情，毅然将昙志送上路。但不久师兄弟几个又误闯戏班，被多情的小花旦白荷、红莲姐妹纠缠，追兵赶来时，这里还热热闹闹地上演了几出美女救英雄的大戏。昙志也曾动过凡心，但身负国仇家恨、方丈重托，昙志一次次毅然离去，反倒是表兄三脚，一个迷迷糊糊、又馋又懒、却心地善良如猪八戒一般的人物，一次次为邂逅的美女痴迷，又怎奈美女的眼中只有昙志，从没有三脚。　　一路上昙志遇到了无数这样善良的小人物，他们坚持正义、不畏童大宝的淫威，竭力保全忠良之后。昙志历尽千辛万苦，终于如愿地投到圆照师叔的门下。在这里，昙志结识了一班性格各异的同师兄弟，甚至还结识了寺院旁边一群年轻的小尼姑，更与女扮男装混入少林学艺的日本女孩华子结为好友，演出了一段梁山伯与祝英台的故事。　　当然，更重要的还是学艺，因为他要报仇，昙志和一群志同道合的年轻人结为知己，他们同门学艺、同仇敌忾，终于重建戚家军，将残暴的倭寇彻底消灭。而昙志也终于炼成旷世武功，手刃了以童大宝为首的奸党，报了国恨家仇。