魏小宝（周星驰饰）要护送建宁公主（邱淑贞饰）赴云南出嫁，途中遭遇独臂神明暗杀。小宝被带走后，借口拜神为师，实则要追讨徒弟阿克（李嘉欣饰）。没想到，卫小宝被神龙宗的龙儿女神（林青霞饰）俘虏了。卫小宝拼尽全力救他，龙儿答应将绝世武功传给卫小宝。卫小宝与公主的绯闻被平熙王发现，早前造反，小宝将觊觎荣华富贵的冯西凡骗到了东郊的皇陵。

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阿柯和师妹一起刺杀韦小宝，反而被抓，过程中见到了吴三桂儿子吴应熊和神龙教教主龙儿。康熙将建宁公主许配给吴应熊，主要是为了牵制吴三桂，韦小宝为钦差大臣。在送别过程中，皇帝遇刺，韦小宝拼命护护驾，原来杀手就是前朝公主独臂神尼。一番缠斗，韦小宝和吴应熊被神尼抓走。

神龙教教主龙儿前来捉拿独臂神尼一行人，救走吴应熊，抓了韦小宝。此时韦小宝也想起了当年在皇宫的那个神龙教圣女，两人再次结缘。韦小宝陪同龙儿一起回教，结果被冯锡范和吴应熊暗算，满教被灭。龙儿身中奇淫合欢散，必须要破功了，她选择和韦小宝传功，再次出来的韦小宝可就成了绝世高手。

送亲队伍来到云南，受到吴三桂接见。韦小宝和多隆里应外合，搞垮了吴三桂，最重要的是吴应熊被建宁给废了。冯锡范围攻公主行宫，和陈近南一场大战，后者败了，被教给皇上。

陈近南把毕生功力传给了韦小宝，后者成为了天地会老大。皇帝命令韦小宝监斩陈近南。韦小宝和冯锡范大战不可避免，东郊战斗打响，无敌的韦小宝干倒了冯锡范，后者被斩首。韦小宝成人生大赢家。