夜勤故事讲述的是在一家叫，圣尤利安娜医院里一个叫比良坂龙二（估计认识他的人中十个有9.99~个咒他快死的...）的医师，接受院长神宫寺成美提出的“特殊病栋”计划（就是把目标护士改造成类似xingnuli服务上层人士，从而获得巨大利益的计划），而随之发生的事。

在游戏中玩家扮演需要扮演龙二医生，典型的AVG要点啊点啊点啊，“说”道一定程度就要“干”了，用尽手段使目标屈服，有很重的SM的味。需要说明的是,如果玩家以玩乐的心态沉迷其中，肆无忌惮，结局绝对是BADEND，这大概也是制作公司也是对这类玩家的嘲讽和警醒。