小兰的朋友，原子家族铃木基金会，将在他们的家族中展示沙皇尼古拉二世家族的宝物——记忆之蛋。记忆之蛋里有沙皇尼古拉二世家族的珍贵照片，尤为珍贵。 .没想到，在展览前，他收到了幻影盗贼基德的通知信，上面写着他以神话般的方式偷走宝物的时间。原子向小兰的父亲、著名侦探毛利小五郎寻求帮助。当然，真正的幕后高手柯南也会和小蓝一起来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定联手解开怪盗小子之谜！上世纪末，为了迎接新世纪的到来，M3取名为世纪末的魔术师，并且开篇就让人气配角黑羽快斗在第三女主角步美家华丽丽的登场。虽然在全剧的大部分时间里，基德先生都是以白鸟的形象出现的，恰以为是最契合基德的伪装。不知道是巧合还是有意为之，白鸟的却是M3中最适合被基德伪装的男人，白鸟这个名字简直就可以是基德的另一个外号（虽然很土），基德总是穿着白色礼服和披风在夜晚飞翔，就像是一直白色的鸟，且M3中重要的动物就是基德的白鸽，最后基德也是在一坨白鸽的掩护下华丽丽的离去，可以说，白鸟就是本作的关键词。而且基德扮演的白鸟表情丰富，言语搞笑，比真白鸟更有趣味。不过，本作在案件上质量较前两部下滑非常多，M3中的连续杀人案不仅动机上没有前两作那么有趣味性，犯罪手法更是没有意思，枪击是私以为最没水平的手法，而且柯南貌似只是通过凶手的名字就推测出凶手究竟是谁，最后制服凶手的过程更是开启了剧场版无敌柯南的先例，近距离被枪击中眼镜居然都没事，尼玛就算你个眼镜是防弹的，镜片又没有弹性，子弹减速时间很少，这冲量绝对可以震死柯南了。最坑爹的是凶手居然伪装成中国人，而且是个中国人都知道中国没有这个奇怪姓氏。可以说，本作的案件实在是烂到一定境界，要不是基德等各路人马出来救市，估计M3就可以毫无疑问的在各剧场版中垫底。 除去这个粗糙的案件，M3还是有一些非常有趣的小亮点的，其中之一就是结尾的基德假扮新一让柯南不被拆穿，而且最后基德把白鸽放满全身在鸽群中消失的样子实在是很帅，比M14中的猥琐男形象好许多（其实新一和基德都很猥琐鸟）。而且基德在本作的登场堪称华丽，偷蛋的技巧极其出色，半路被狙击只是剧情需要，这次的偷盗事实上柯南完全慢了，完全无法阻止。M3中毛利大叔的表现基本上就是出来搞笑，偶尔说一句正经台词就为自己招来杀身之祸，不过毛利与中森的对掐依旧非常有趣，其实他们两个女儿长得那么像为毛老是和对方过不去呢。M3中还要非常中国化的内容，就是有中国话的出现，虽然凶手是伪装成中国人（所以中文说的很烂），但还是略懂中文，教了兰和园子怎么用中文说自己的名字，兰还表示自己名字的中文发音很可爱。此外M3是灰原首次在剧场版中登场，虽然戏份不多，但是亮点多多，其一是灰原的出现标志着冷笑话从此基本由阿笠博士来说的模式，而且是灰原破解了第一个阿笠冷笑话，其二是M3中兰一度怀疑柯南的真实身份，在去到城堡的时候，看到柯南和灰原比较亲密的讲话时眼神意味深长。M3中我认真第二精彩的就是凶手和基德都想得到的彩蛋，这个称之为回忆的蛋最后打开来的效果极其华丽，其中的内容也极其贴切回忆之名，不过这个制造技术也太过于BT了，怀疑当世是否有人能真的造出这种东西。M3最最精彩的地方在于，和叶出现啦啦啦啦啦啦啦啦